شیخ مرحوم در کتاب «نجم ثاقب» کیفیت بنای این مسجد شریف را به امر صاحب الزمان به این صورت در حکایت اول از باب هفتم نقل کرده:
امام زمان(علیه‌السلام) به حسن مثله جمکرانی فرمود: به مردم بگو به این‌جایگاه رغبت کنند و آن را عزیز بدارند و در این‌جا چهار رکعت نماز بخوانند، دو رکعت تحیت مسجد، در هر رکعتی یک مرتبه سوره «حمد» و هفت مرتبه «توحید» و تسبیح رکوع و سجود را هفت مرتبه بگویند؛
و دو رکعت نماز صاحب الزمان به این صورت که: چون سوره «حمد» به «إِیّٰاکَ نَعْبُدُ وَ إِیّٰاکَ نَسْتَعِینُ؛ پروردگارا! تنها تو را مى‌‌پرستیم و تنها از تو یارى مى‌‌جوییم» برسد آن را صد مرتبه بگوید و بعد سوره «حمد» را به پایان برساند و در رکعت دوم نیز به همین طریق عمل کند و تسبیح رکوع و سجود را هفت مرتبه بگوید و چون نماز به پایان رسید «لا إله إلّا اللّه؛ نیست خدایی مگر الله» بگوید و «تسبیح حضرت زهرا» را بگوید و پس از تسبیح فاطمه سر به سجده گذارد و صد مرتبه بر محمّد و آلش (صلوات‌الله‌علیهم) صلوات فرستد؛
و این جمله عیناً از آن حضرت روایت شده:
فَمَنْ صَلَّاهُما فَكَأَنَّمَا صَلَّىٰ فِي الْبَيْتِ الْعَتِيقِ.
کسی که این دو رکعت را بخواند، گویا در خانه کعبه نماز خوانده است.